Perjuangan dan keikhlasan para pendiri Gontor, mencapai puncaknya saat penyerahan piagam wakaf kepada umat Islam. Ini merupakan bentuk keikhlasan yang memuncak dan tak terbantahkan. Padahal, pada tahun 1958, tahun di mana Gontor diwakafkan, pondok ini sudah memiliki ratusan santri, aset bergerak dan tak bergerak yang tidaklah sedikit. Inilah yang menjadi titik balik Gontor, dari yang sebelumnya merupakan lembaga milik keluarga pendiri, menjadi milik umat Islam seluruh dunia. Pada saat itu, 12 Oktober 1958, Trimurti (K.H. Ahmad Sahal, K.H. Zainuddin Fannani, dan K.H. Imam Zarkarsyi) sebagai pendiri Pondok mewakafkan Pondok Modern Darussalam Gontor kepada IKPM yang diwakili oleh 15 orang. Wakaf Pondok Modern Darussalam Gontor ketika itu terdiri dari tanah kering seluas 1,740 ha (Kampus Pondok), tanah basah seluas 16,851 ha, dan gedung sebanyak 12 buah; Masjid, Madrasah, Indonesia I, Indonesia II, Indonesia III, Tunis, Gedung Baru, Abadi, Asia Baru, PSA, BPPM, dan Darul Kutub. (dikutip dari laman www.gontor.ac.id)
Setelah kepemilikan Pondok beralih dari keluarga kepada ummat, maka didirikan sebuah Yayasan Pemeliharaan dan Perluasan Wakaf Pondok Modern (YPPWPM), tanggal 18 Maret 1959. Yayasan bertugas memelihara dan mengembangkan kekayaan yang diwakafkan dan untuk menangani berbagai persoalan berkaitan dengan pendanaan Pondok Modern.
Model pengelolaan pondok ala Gontor ini sepertinya diadopsi oleh Undang Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren, terutama dalam aspek kelembagaan. Dalam UU Pesantren dikenal istilah Majelis Masyayikh dan ada yang disebut Lembaga Dewan Masyayikh. Kedua lembaga itu berfungsi selayaknya majelis legislatif yang menetapkan kebijakan mutu dan mengawasinya sedangkan Dewan Masyayikh berfungsi sebagai pelaksana kebijakan.
Jumlah santri yang semakin membesar membutuhkan sistim tata kelola yang baik, maka Yayasan berfungsi untuk membantu pimpinan pondok dalam menjalankan fungsi administrasi, manajemen keuangan dan asset Pondok secara akuntabel.
Tata kelola pondok modern ala Gontor itu yang sering diceritakan Kyai Syahrudi Ramli (Pimpinan Pondok Darul Hijrah Putri Martapura) kepada saya, karena beliau juga mempunyai pandangan serupa bahwa dengan keikhlasan keluarga pemilik Gontor mewakafkan seluruh sistem dan asset Gontor kepada ummat Islam, maka Gontor akan terhindar dari ekslusifitas yang memungkinkan terciptanya sistem dinasti atau kerajaan dalam pondok pesantren.
Pengurus yayasan, sesuai dengan undang-undangnya adalah orang yang dipilih dan dinilai cakap untuk mengurusi yayasan. Yayasan bukan lembaga eksklusif yang tertutup. Ada kontrol dan pengawasan baik yang datang dari masyarakat maupun pemerintah.